1. Pierwsze wzmianki o Parafii Wszystkich Świętych w Zakliczynie w dokumentach kościelnych pochodzą z lat 1325-27.
2. Obecny kościół parafialny zbudowany został w latach 1773-74. W roku 1776 konsekrowany został przez J. Eksc. Ks. Bpa Franciszka de Potkana Potkańskiego. Orientowany jest na wschód. Drewniany, zbudowany z drewna modrzewiowego i sosnowego o konstrukcji zrębowej. Prezbiterium zamknięte, wieloboczne. Nawa główna prostokątna. Przy prezbiterium od północy zakrystia, przy nawie od południa kruchta. Wieża od zachodu z początku XVIII w. o ścianach pochyłych z nadwieszoną izbicą z dachem czterospadowym. Na wieży dzwon wielki z 1761 roku o nazwie Polonus. Dwa pozostałe zrabowane przez Niemców w czasie II wojny światowej. W nawie na tęczy krucyfiks z aniołami z XVIII w. Na południowej ścianie nawy krucyfiks gotycki z lat 1430-40. Na ścianach nawy stacje Drogi Krzyżowej z 1824 roku. Chór muzyczny na dwóch słupach z organami z 1853 roku. W nawie dwa konfesjonały poźnobarokowe z XVIII w. Ambona rokokowa z XVIII w. Chrzcielnica późnogotycka, kamienna, ozdobiona płaskorzeźbą wieloroślinną z połowy wieku XVII.
3. Ołtarz główny rokokowy z XVIII w. architektoniczny, przyścienny, drewniany malowany i złocony. W roku 1994 odnowiony i zabezpieczony przed drewnojadami. Odnowione również zostały obrazy: a) Trójcy Przenajświętszej ze Świętymi, malowany na płótnie, olejny późnobarokowy z XVIII w. b) Wniebowzięcia Matki Bożej, malowany na płótnie, olejny umieszczony na desce, z 1775 roku, w zwieńczeniu ołtarza c) Chrystusa Ukrzyżowanego z Matką Bożą Bolesną pod krzyżem. Na tym obrazie przedstawiony jest fundator obecnego kościoła Ks. Wojciech Brandysiewicz.
Na ołtarzu znajdują się rzeźby czterech świętych: św. Wojciech, św. Stanisław Szczepanowski, św. Kazimierz, św. Jan Kanty. Figury te zostały również poddane konserwacji i odnowie. Na ołtarzu znajdują się takie uskrzydlone putta polichromowane, drewniane, złocone i srebrzone.
4. Ołtarz boczny przy tęczy prawy, rokokowy z XVIII w., architektoniczny, przyścienny drewniany, malowany złocony gruntownie odnowiony w 1992 roku, wraz z obrazami: a) „Ecce Homo” z 1730 roku, ufundowany przez ówczesnego proboszcza Ks. Antoniego Wincentego Bodzańskiego, malowany na płótnie, olejny, w sukience drewnianej pozłacanej i posrebrzanej b) w zwieńczeniu ołtarza obraz św. Jana Nepomucena, malowany na płótnie, olejny umieszczony na desce.
5. Ołtarz boczny przy tęczy lewy rokokowy z XVIII w., architektoniczny, przyścienny, drewniany malowany złocony gruntownie odnowiony w 1993 roku wraz z obrazami: a) Matki Bożej Różańcowej z Dzieciątkiem, Zakliczyńskiej, malowany na płótnie, olejny umieszczony na desce jaworowej; w poprzednim kościele 27 kwietnia 1634 roku podczas konsekracji ołtarza przez J. Eksc. Ks. Bpa Tomasza Oborskiego tenże obraz wzmiankowany. Odnawiany w 1849 roku przez obywatela Myślenic Sebastiana Stolarskiego malarza Akademii Krakowskiej. Według przekazu proboszcza Zakliczyna z 1873 roku Ks. Jędrzeja Kowalczyka, był bardzo zniszczony, więc „musiał go, ponieważ na bardzo grubem płótnie jest malowany i tak jak sito pełne dziurek, pierwej kitować, dopiero potem odnawiać”. Obraz ten koronowany koronami biskupimi, słynął łaskami i był w okolicy znany do którego przychodzili nie tylko wierni Parafii Zakliczyn, ale także pielgrzymowali wierni z okolicy. Obraz w sukience drewnianej, złoconej i srebrzonej b) św. Stanisława Kostki w zwieńczeniu ołtarza, malowany na płótnie, olejny z XVIII w.
6. W kościele ponadto znajdują się: a) obraz św. Józefa z Dzieciątkiem malowany na płótnie, olejny z XVIII w. b) dwa konfesjonały drewniane, malowane, ozdobione malowidłami: św. Piotra i św. Marii Magdaleny z XVIII w. wykonane w technice temperowej. c) obraz Chrystusa upadającego pod krzyżem, malowany na płótnie, olejny z końca XVII w., odnowiony d) feretron z obrazem św. Anny Samotrzeciej malowany na płótnie, olejny w ramie drewnianej złoconej z XIX w. e) epitafium marmurowe, klasycystyczne Apolonii ze Skarbków Białobrzeskiej Duninowej Brzezińskiej f) krucyfiksy barokowo-ludowe i ludowe z XVIII i XIX w. używane w liturgii g) na ołtarzach lichtarze, drewniane, złocone, barokowe i klasycystyczne h) nowe obrazy fundowane: Chrystusa Miłosiernego – Jezu ufam Tobie i św. Siostry Faustyny Kowalskiej i) cztery witraże, dwa w prezbiterium: Matki Bożej i św. Franciszka Salezego wykonane w firmie: F. Dorn oraz dwa w nawie głównej: św. Piotra i św. Pawła wykonane w firmie Georg Boos; obie firmy z Monachium j) polichromia prezbiterium i nawy głównej nawiązująca do stylu bizantyjskiego wykonana w technice półtłustej, jajowej przez konserwatora, artystę malarza dr Józefa Furdynę z Krakowa w 1969 roku za czasów Ks. Proboszcza Szczepana Żmudki. W latach 1992-95 odnowione i konserwowane: ołtarz główny i ołtarze boczne wraz z obrazami przez konserwatorów: Annę Chlebowicz i Joannę i Jana Bryjak z Zagórzan.
Opracował Ks. Stanisław Pająk w 1995 roku.